مرکز تحقیقات میکروب شناسی مولکولی دانشگاه شاهد در سال 1389 با هدف ارتقاء و توسعه  مطالعات حوزه میکروب شناسی، در دانشگاه شاهد راه اندازی شد. این مرکز در آذر ماه 1390 موفق به اخذ موافقت اصولی و در دی ماه سال 1394 موفق به اخذ موافقت قطعی از شورای گسترش وزارت بهداشت ، درمان و آموزش پزشکی گردید.